청주 국제 단편영화제는 1999년 발족(發足)한 (사)한국영화인출연협회 청주지부 주최로 2004년 '청주시 단편영화제'란 이름으로 출발하였다. 당시 주요 프로그램으로는 "국내 우수 단편영화 초청 상영회"와 미래의 영화 인재 양성을 목표로 하는 "청주시 청소년 영화제작교실"을 운영하였다. 이후 영화제의 명칭은 2006년 "청주시 디지털 단편영화제"로 개칭하여 디지털 시대에 발맞춘 변화를 시도했다. 그리고 2013년에는 어일선 감독이 2대 회장으로 취임하면서 "청주시 국제단편영화제"로 다시 명칭을 변경하였다.
본 영화제가 국제단편영화제로서 도약하기 위한 본격적인 작업은 2019년 7월 김윤식 감독이 3대 회장으로 취임하면서 시작되었다. 그 서막은 "청주시민과 함께 점점 성장하는 영화제"라는 뜻의 "점, 점, 점"을 슬로건으로 내걸었던 2020년 제 17회 영화제에서 "111개국 2,807편"의 영화들이 접수되며 비약적인 성장의 신호탄을 올렸다. 또한 2021년 제 18회 CISFF에선 새로운 로고 변경을 진행하였고, "122개국, 4,050편"의 영화가 접수되어 외적 성장과 더불어 완연한 중부권 최대의 국제단편영화제로써 자리잡게 되었다.
아울러 2023년 제 20회 청주국제단편영화제는 미래를 위한 대대적인 조직개편과 성장 가능성을 넓히는 다각도의 심도있는 발전 방안이 모색되어 많은 해외 영화제 관계자들과의 유의미한 협력을 확인하는 한 해가 되었다.